На первом этаже центральной башни расположен анатомический театр. Над ним круглый зал с Готторпским глобусом. Обсерватория занимает верхние этажи башни. Левое крыло отдано под собрание редкостей — собственно Кунсткамеру, на 1-м этаже которой находится малый зал, а на 2-м и 3-м этажах большой двухсветный зал с галереей. Симметрично им в правом крыле расположены залы библиотеки. В торцах боковых крыльев на трех этажах устроены кабинеты.